Nome Completo:

Filipe Ferreira dos Santos

Unidade da USP:

Instituto de Química

Programa de Pós-Graduação:

Bioquímica

Nível:

Doutorado

Resumo:

O surfaceoma humano é o conjunto de proteínas que ficam na superfície das células. Essas proteínas funcionam como uma espécie de "painel de comunicação", permitindo que as células enviem e recebam sinais, se reconheçam entre si e interajam com o ambiente ao redor. Por ocuparem essa posição estratégica, elas são fundamentais tanto para o funcionamento normal do organismo quanto para o desenvolvimento de doenças, como o câncer e transtornos do neurodesenvolvimento. Além disso, uma grande parte dos medicamentos aprovados hoje age justamente nessas proteínas de superfície, o que torna seu estudo ainda mais importante. Mesmo assim, o surfaceoma ainda é pouco compreendido em seus detalhes. Em especial, sabemos pouco sobre como seus genes são regulados, como diferentes versões de um mesmo gene (chamadas isoformas) são produzidas e como esses processos variam entre tecidos, fases do desenvolvimento ou condições patológicas. Entender essa complexidade é essencial para descobrir novos biomarcadores e possíveis alvos para terapias mais precisas. Nesta tese, realizo uma caracterização abrangente do transcriptoma relacionado ao surfaceoma humano, isto é, de como seus genes e isoformas são expressos em diferentes contextos biológicos. Para isso, integro grandes conjuntos de dados de sequenciamento de RNA, incluindo tumores humanos e organoides cerebrais - modelos laboratoriais que simulam etapas do desenvolvimento neural. Também utilizo dados de célula única e de proteômica para obter uma visão mais completa da diversidade celular e das proteínas efetivamente produzidas. Ao longo do trabalho, aplico ferramentas computacionais avançadas e desenvolvo pipelines específicas para mapear esses genes, investigar suas variações e explorar como sua regulação pode influenciar processos celulares. A tese também abordou estratégias de bioinformática voltadas à identificação de possíveis biomarcadores e ao estudo de interações entre proteínas e medicamentos. De forma geral, o objetivo central foi criar uma visão integrada e detalhada de como o surfaceoma é organizado e regulado no corpo humano, e de como essa informação pode apoiar futuras pesquisas em biologia molecular, câncer, neurodesenvolvimento e medicina de precisão.